《热血三国》总共有二十种科技，随着科技等级越高，效果和威力都会提升。比如：“练兵技巧”可以缩短士兵训练时间；“抛射技巧”可以增加远程攻击距离。同时，这些科技也是发展出高级建筑和兵种的前提保证。在热血三国中，建筑物的升级和兵种的升级都与科技树交叉在一起，因此玩家需要兼顾多项平衡发展。如果玩家不努力提升技巧的话，到后期将寸步难行。
玩家可以在城池中建设书院，然后在书院中发展科技。书院的等级越高，能够研究的科技越多。一所书院同一时间只能研究一项科技，建设多所书院可以同时研究不同的科技。有许多科技的研发需要先满足一些特定的建筑等级要求。

与其他内政项目相比，发展科技需要花费更多的资源、更长的升级时间，但一旦发展成功，玩家的城池都可以共享科技成果，获得4399极大的发展推动，可以说是利国利民的长远之计。（注意：书院必须达到指定等级，才能共享已经拥有的科技。比如10级的“侦察技巧”需要书院等级3，即使主城把“侦察技巧”已经提升到10级，但是分城的书院必须达到3级，才能共享10级“侦察技巧”的加成）
需要特别说明的是，如果玩家的最后一个城池被攻占，玩家将会重新创建新城开始游戏，但所有的科技将被保留。这意味着玩家只要建设书院并升级书院就可以重新获得科技加成。